Table 2

Results of oligonucleotide chip analyses for matrix metalloproteinase (MMP), cathepsin, tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP) and cystatin expression

Gene

Probe set ID

First screening set

Second screening set

Day 0

Day 3

Day 14

Day 0

Day 3

Day 14

S

D

S

D

S

D

S

D

S

D

S

D

MMP-2

161509_at

34

A

17,2

A

6,2

A

14,5

A

19,2

A

31,8

A

MMP-2

95663_at

22,8

A

23,6

A

12,1

A

25,6

A

33,9

A

22,8

A

MMP-3

98833_at

35,6

P

97,4

P

38,5

P

35

P

424,5

P

84,3

P

MMP-7

162318_r_at

24,2

A

4

A

3,9

A

3,8

A

11,7

A

2,2

A

MMP-7

92917_at

3

A

5,4

A

2,6

A

4,1

A

1,8

A

2,7

A

MMP-8

94769_at

940,1

P

830,2

P

823,8

P

998,7

P

778,2

P

1006,5

P

MMP-9

162369_f_at

237

P

170,6

P

175,5

P

172,1

P

179,4

P

147,1

P

MMP-9

99957_at

2481,1

P

2287,7

P

1993,7

P

1838,9

P

2177

P

2264,3

P

MMP-10

94724_at

16

A

1,4

A

2

A

2

A

5,5

A

0,9

A

MMP-11

100016_at

42,3

A

47,7

M

26,1

A

40,1

A

30,5

A

53

A

MMP-12

95338_s_at

20,1

A

38,1

A

7

A

19,7

A

21,2

A

8,1

A

MMP-12

95339_r_at

33

A

81,9

A

32,6

A

15,2

A

71,8

A

30

A

MMP-13

161219_r_at

64,5

P

61,4

M

62,9

A

56,6

A

69,8

P

35,1

A

MMP-13

100484_at

1202,4

P

927

P

843,5

P

1510,5

P

1373,3

P

1184,2

P

MMP-14

160118_at

796,5

P

876,4

P

717,9

P

607,6

P

611,8

P

753,3

P

MMP-15

93612_at

40,7

A

9,4

A

7,3

A

24,6

A

11,5

A

15,7

A

MMP-16

98280_at

12,7

A

3,7

A

5,3

A

8,6

A

8,8

A

5,5

A

MMP-17

92461_at

35,4

A

43,4

M

26,3

A

35,4

A

56,1

A

43

A

MMP-24

160665_at

4,4

A

3,1

A

2,5

A

5,2

A

4,4

A

3,8

A

TIMP-1

101464_at

525,5

P

617,2

P

427,7

P

383,4

P

652,7

P

407,3

P

TIMP-2

93507_at

147,6

P

122,9

A

126,3

A

152,4

P

188,1

P

131,3

A

TIMP-3

160519_at

367,3

P

451,3

P

484,6

P

553,2

P

518,8

P

521

P

Cathepsin B

92256_at

78,3

P

113,1

P

46,5

P

102,5

P

104,8

P

88,9

P

Cathepsin B

94831_at

2150,4

P

2480,2

P

2244

P

1666,8

P

2013

P

1694

P

Cathepsin B

95608_at

119,6

P

96

M

117,5

P

156,3

P

121,7

P

100,7

P

Cathepsin C

101019_at

286,7

P

188,5

P

192,6

P

298,7

P

339,5

P

197,6

P

Cathepsin C

101020_at

145,8

P

97

P

101,6

P

150,6

P

251,5

P

126

P

Cathepsin C

161251_f_at

42,8

P

53,2

A

42,8

M

64,2

A

52,2

A

68,8

A

Cathepsin D

93810_at

1934

P

2280,4

P

1968,3

P

1551,4

P

1526

P

1994,3

P

Cathepsin E

104696_at

853,1

P

1383,5

P

1680,7

P

1619,9

P

1367,1

P

1368,3

P

Cathepsin F

97336_at

169

P

196,9

P

186,6

P

149,5

P

136

P

181,7

P

Cathepsin G

92924_at

1329

P

931

P

952,8

P

813,1

P

860,2

P

910,6

P

Cathepsin H

94834_at

506,5

P

565,4

P

399

P

319,9

P

399,2

P

398,2

P

Cathepsin K

160406_at

1312,8

P

1256,8

P

1296,1

P

1048,2

P

971,3

P

1202,5

P

Cathepsin L

101963_at

327,5

P

237,1

P

251,3

P

385,8

P

359,1

P

308,2

P

Cathepsin S

98543_at

1184,2

P

2003,7

P

1208,8

P

1549,8

P

2321,3

P

1349,6

P

Cathepsin W

92214_at

11,6

A

7,4

A

23,1

A

38,7

A

17,8

A

44

A

Cathepsin Z

92633_at

273,1

P

278,4

P

215,8

P

274,8

P

228

P

265,3

P

Cathepsin 7

97678_r_at

0,5

A

0,4

A

2,6

A

10,8

A

4

A

1

A

Cystatin B

100581_at

895,4

P

964,3

P

881,6

P

896,3

P

1017,8

P

760,4

P

Cystatin F

102638_at

360,4

P

375,4

P

280,4

P

343

P

334,3

P

366,8

P

Cystatin 8

103245_at

11,7

A

24,7

P

8,6

A

10,1

A

10,8

A

11,3

A

Cystatin 9

103296_at

5,2

A

12,8

A

6,4

A

25,2

A

2,5

A

32,4

A

Cystatin C

161522_i_at

130,6

P

180,2

P

201,9

P

105,7

P

91,1

P

215,5

P

Cystatin C

99586_at

2978,9

P

2793,1

P

3150,2

P

2467,9

P

2313,2

P

2982,7

P

β-actin

M12481_5_at

9831

P

7177,8

P

7669,6

P

9942,5

P

9216,7

P

16027,1

P

β-actin

M12481_M_at

10941

P

11693

P

10336,4

P

11128

P

11603,2

P

19708,7

P

β-actin

M12481_3_at

12579

P

15514

P

12970,5

P

14876

P

12678,2

P

21765,3

P

The MG_U74Av2 Affymetrix oligonucleotide chip (array A) was used to analyze gene expression in murine arthritic knee joints during the course of antigen-induced arthritis (see Materials and Methods). We hybridized six chips with samples from two individual animals for each point of time (first screening set, days 0, 3 and 14; second screening set, days 0, 3 and 14). The table contains the following information: analyzed genes with Affymetrix probe set IDs, signal intensity (S) and detection information (D), with an absent call indicated by A, a marginal call by M and a present call by P. Probe sets with a present call (P) for all investigated days are indicated in bold.

Schurigt et al. Arthritis Res Ther 2005 7:R174   doi:10.1186/ar1466

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